El ejército español derrotado corría huyendo por la llanura, perseguidos por el ejército francés. Millares de prisioneros fueron capturados. Los fugitivos se encaminaban hacía Sierra Morena. La caballería de Víctor se unió a la persecución, en su camino había conseguido apoderarse de todos los bagajes del ejército español, rezagados entre Noblejas y Ocaña.
Las tropas de Areizaga habían experimentado pérdidas aplastantes: unos 4.000 muertos y heridos y más de 14.000 prisioneros, cifras a las que hay que añadir los millares de dispersos que no se incorporaron a filas al otro lado de Sierra Morena. Treinta banderas y cincuenta de las sesenta piezas de artillería de que disponía el ejército español, cayeron en manos de los franceses. Cuando los restos del ejército del Centro, pudieron ser reunidos en sierra Morena, tres semanas después de la batalla, sólo 21.000 infantes y 3.000 jinetes pudieron ser contados como presentes en filas. Las divisiones de Lacy, Jácome y Zeraín habían desaparecido prácticamente, y otras perdieron cerca de la mitad de sus efectivos. Las bajas francesas ascendieron a 94 oficiales y 1.900 hombres, entre muertos y heridos, entre los que se encuentran el mariscal Mortier, y los generales Leval y Girard, todos ellos heridos de alguna consideración23.
Como hemos visto, el combate termina con la destrucción del ejército del Centro. Aunque Areizaga conservó el mando de los efectivos, tras su reagrupamiento en Sierra Morena, a los que se dio como única misión la defensa de los diversos pasos que daban acceso a Andalucía.
Aunque Areizaga no resulta responsable del disparatado plan de la Junta Central, los errores personales que cometió como consecuencia del cumplimiento de las ordenes de la Junta, fueron de tanta monta, que influyeron en el final catastrófico de la operación.
Su única oportunidad de éxito consistía en sorprender al enemigo, antes de que pudiera concentrarse. Y esto lo hubiese conseguido, sino corta su rápido avance desde Santa Cruz de Mudela sobre La Guardia, en la que permaneció tres días, cuando solo unos 10.000 franceses se interponían entre él y Madrid. Cuando emprende la marcha lo hace hacia el este, hacia Villamanrique, perdiendo otros tres días; de nuevo volvió a detenerse ante los hombres de Víctor y finalmente se retira de nuevo hacia Ocaña, para reanudar el camino por el Camino real de Andalucía, sin poder reunir el día de la batalla a todos sus efectivos. Después durante la batalla esta absorto en el campanario de Ocaña, dictando pocas ordenes y dejando que los generales de las divisiones tomaran decisiones individualmente sin una coordinación de conjunto, como lo hizo el ejército francés.
Lo más paradójico es que la Junta Central, lo mantuviera al frente de ejército del Centro, después de su rotundo fracaso en Ocaña; incluso, le agradeciera sus servicios y le otorgase recompensas.
El nuevo dispositivo de defensa español estaba formado, tras la batalla de Ocaña, por el ejército de Extremadura que debía cumplir la triple misión de cubrir los pasos del Tajo en Almaraz, proporcionar guarnición a Badajoz y tratar de enlazar con las fuerzas de Areizaga que ocupaban los pasos centrales, con cuartel general en La Carolina, y cuyo flanco derecho estaba protegido por los restos de las divisiones de Vigodet y Jácome.
Con este panorama las puertas de Andalucía se encontraban abiertas a los franceses, que a principios de 1.810 contaban con unos efectivos de alrededor 325.000 hombres, que en los nueve siguientes meses se verán aumentados en otros 138.000 soldados. Así José I, está seguro de su posición en el país, al tiempo que temeroso de un proyectado viaje de su hermano Napoleón, para hacerse cargo de las operaciones. José piensa conquistar personalmente Andalucía, poniéndose al frente de la expedición militar que hacía tiempo preparaba el duque de Dalmacia. Así el 8 de enero parte al mando del ejército de Andalucía, llegando a ella el 20 de enero, lo que supone un paseo para las tropas francesas, tras caer las plazas de Andújar, Jaén, Córdoba y Granada, la noche del 23 al 24 de enero la Central deja Sevilla y se dirige a la Isla de León.
El pueblo ve en este hecho una prueba de abandono del gobierno. Desde este momento hay ataques y criticas contra todos sus miembros. Esto unido a las maquinaciones del conde de Montijo, que acusaba a los miembros de la Junta central de robar las riquezas de España, encrespó a los ciudadanos, que constituyeron en Sevilla una junta provincial como Junta Suprema de España, entre sus componentes, estaban el conde de Montijo y el marqués de La Romana, pero tuvo poco éxito, ya que ante la presencia de los franceses también huyó. Así el 29 de enero de 1.810 la Junta Central entregó el poder a una regencia de cinco personas: el obispo de Orense, Pedro de Quevedo y Quintano; el consejero y secretario de estado, Francisco de Saavedra; el capitán general Francisco Xavier Castaños; el consejero de Estado y secretario de Marina, Antonio de Escaño, y el ministro del Consejo de España e Indias, Esteban Fernández de León (sustituido poco después por Miguel de Lardizábal y Uribe), en representación de América. El 1 de febrero Castaños era elegido para ocupar la presidencia temporal del Consejo, se inaugura así, una nueva figura de gobierno: Las regencias, que en el número de cinco, se darán a lo largo de la guerra de la Independencia24.
Otra de las consecuencias de la derrota de Ocaña, es la explotación partidista que realizan los españoles que vivían de acuerdo con el Gobierno francés (los afrancesados); de esta manera José de Mazarredo, ministro de José I, en discurso publicado el día 26 de noviembre de 1.809 en la Gaceta de Madrid, y al día siguiente en el Diario de Madrid25, señala como las fuerzas españolas han sido otra vez abandonadas por los ingleses, como dejó también sóla a Austria, y esta pactó con Napoleón, para evitar su ruina, como le sucederá a España. Acaba haciendo un llamamiento a los españoles para que se acojan al trono del rey José.
El 2 de diciembre, se publica en el Diario de Madrid, una orden del duque de Dalmacia, con fecha de 28 de noviembre, en la que se dan las instrucciones necesarias para juzgar a los prisioneros de la Batalla de Ocaña. Se señala que los que no sean desertores con anterioridad, se les dejará en libertad si prestan juramento de fidelidad al rey José I26; este discurso se encuadraría dentro de la política negociadora del rey José, que pretendería negociar con los insurrectos y de esta forma acabar la guerra que estaba desolando a España27. Al resto se les juzgara según las leyes militares al respecto28.