Nació en Castrillo de Duero (Valladolid) el 2 de septiembre de 1775. El pueblo de Castrillo esta situado entre los de Roa y Peñafiel. En ocasión de las guerras del Rosellón y Cataluña sentaría plaza de soldado en 1792 en el Regimiento 7º de Caballería Lanceros de España. Tras la paz se licenciaría el 22 de julio de 1795. Cuando de nuevo los franceses comenzaron a inquietar a los españoles, y apenas iniciadas las confrontaciones, en 20 de abril de 1808, Juan Martín a partir de él y dos amigos, uno de ellos Juan García, de tan solo 16 años de edad, sin quizás darse cuenta del trascendental momento, levantaría una partida de guerrilleros en Aranda al interceptar un correo militar francés muy cerca de Honrrubia, en el camino Real entre Burgos y Madrid. Sus correrías van en aumento y audacia, con tan solo 12 hombres logra causar al enemigo sobre 800 bajas. Días después, cuando las batallas de Cabezón y Rioseco participa con su partida se había engrosado en varias decenas de hombres. Después de los dos desastres, igual que le ocurrirá a Porlier tras el de Gamonal, Juan Martín decide dedicarse a hacer su propia guerra. Tras haber sido apresado por orden del Capitán General de Castilla, fue puesto en prisión en Burgo de Osma, se marcha a primeros del siguiente mes. ¿Por qué puso Cuesta a Juan Martín en prisión?. Ávidamente, con tres de sus hermanos Manuel, Dámaso y Antonio levanta una nueva guerrilla, que en apenas dos años cuenta con 6.000 hombres y obtiene el reconocimiento de la Junta de Defensa al ascenderle a Brigadier Comandante General de Castilla la Nueva.

Su trayectoria militar fue la siguiente:

Finalizada la guerra se retiró a Valladolid. Llegado el Trienio liberal fue nombrado Segundo Cabo de Valladolid y Gobernador Militar de Zamora. En el año 1823 se acoge a la capitulación de Extremadura y el Decreto de Indulto y decide retirarse a Aranda. Cuando el día 22 de noviembre se dirigía a su pueblo, en el camino, exactamente en Olmos, cercano a Peñafiel, fue detenido por una partida de realistas enviada por el alcalde de Roa, Gregorio González y tras formarle Causa, se cierra esta el 12 de junio de 1825 cuando le sentenciaron a la pena de muerte por ahorcamiento.

El 19 de agosto de 1825, "... a la hora de tres cuartos para la una de la tarde de este día...", después de ser vejado y ultrajado del peor modo, sucumbe en el patíbulo fernandino elevado en la Plaza Mayor de Roa.

Por Real orden de 9 de octubre de 1814 había logrado permiso para firmar tal y como era su costumbre, "El Empecinado", en recuerdo de su pueblo Pecina.