Nació en Versailles, el 20 de noviembre de 1753. Era hijo de un Oficial de Ingenieros, Cuerpo al que se uniría después de estudiar en la escuela de Ingenieros de Mézières en 1764, especializándose como Ingeniero-geografo, en tal calidad asistió a la guerra de la Independencia americana, a las órdenes de La Fayette, luchando contra las tropas británicas. A su regreso a Francia, ascendió al grado de teniente coronel, el 11 de julio de 1789, realmente cuatro días antes de serlo al grado de Mayor General de la Guardia Nacional de Versalles. Mariscal de campo en el ejército del Norte, fue Jefe del Estado Mayor del general La Fayette después de Luckner, siendo destituido el 10 de agosto de 1792, sospechoso de ser monárquico. En mayo de 1793 fue autorizado a incorporarse como voluntario en el Oeste. Biron le nombraría Jefe de su Estado Mayor. Sin embargo hasta marzo de 1795 no se reincorporaría al ejército de los Alpes y de Italia. Nombrado General de División en junio de 1795, y conocida su conducta real por Napoleón, valoraría la experiencia y valía general de Berthier, nombrándole Jefe del Estado Mayor del ejército de Italia, llegando a proclamar la República de Roma. Amigo y confidente de Bonaparte, durante más de dieciocho años, no es solamente el Jefe del su Estado Mayor, es además un soldado de gran coraje. Acompañará a Napoleón en el periplo de Egipto. Lucha en el puente de Lodi, y recibe una herida en la batalla de Marengo. En la de Wagran le matan el caballo. En dos ocasiones sera nombrado Ministro de la Guerra, del 11 de noviembre de 1799 al 4 de abril de 1800, desde donde contribuiría a preparar la cúpula del Estado que surgirá en Brumario, y en él estará presente desde el 8 de octubre de ese mismo año, hasta el 9 de octubre de 1807.
Napoleón le cubre siempre de honores. Así irá promocionado a Mariscal de Campo en mayo de 1804, ingresará en la Orden de la Legión de Hono. En 1807 fue nombrado soberano de los principados prusianos de Neuchatel y Balangin, vicecondestable y Píncipe del Imperio. En 1808 se casaría con la princesa María, hija del duque Guillermo de Baviera. Poco después, en agosto de 1809, después de la batalla, Napoleón, su protector, le otorgará el título de Príncipe de Wagram. En 1814, en Compiègne, firma la paz con Luis XVIII, cabalgará delante de él, abriéndole el camino en su entrada en París. Agradecido el Monarca le premia con la dignidad de Par de Francia. Aquel hombre tan afin a Napoleón, se olvidará de todo lo que este le había dado y llegará, cuando Bonaparte retorna de su confinamiento en la isla de Elba, Berthier no acude a recibirle y se retira a sus posesiones en Baviera, por lo que será borrado de la lista de los mariscales.
Se reunirá con su familia en la localidad bávara de Bamberg, donde poseía un castillo y donde una tarde se caerá de una ventana de la tercera planta de aquel edificio, muriendo el día 1 de junio de 1815. Tenía por tanto, 62 años de edad. Por aquellos días se habló mucho de la posibilidad de un crimen de Estado. De un atentado para librarse de él, o bien de un suicidio debido al estado depresivo y de enajenación en que había entrado tras el retorno de Napoleón.
Como otros muchos generales franceses, su nombre figura inscrito en el arco del Triunfo parisino.