Nació en Lisboa el 18 de febrero de 1759. Se alistó en el Ejército y en 1782 era Alférez. Tras varios ascensos en su trayectoria profesional, lo encontraremos de Teniente Coronel participando con las tropas portuguesas, aliadas de España durante la campaña del Rosellón contra la Francia revolucionaria. En el ataque a la posición de Madalena, resultó herido. Terminada la campaña regresa a Portugal y es promovido al grado de Coronel, quedando al mando de su propio Regimiento. En el año 1800 es nombrado Gobernador y Capitán General de Sao Paulo, cargo que no llegó a desempeñar, debido a que en esos momentos estalló la guerra de 1801 y al serle entregado el mando de una Brigada compuesta de dos batallones de granaderos y cazadores de Extremadura y Alentejo, y que pasaba a formar parte del Cuerpo que defendería el Alentejo. En mayo de 1801, durante la batalla de Arronches tuvo una destacadisima actuación, ya que gracias a su pericia y experiencia evitó el desastre a que se hallaban abocadas las tropas portuguesas. Ascendido a Mariscal de Campo, fue nombrado Gobernador Militar de Oporto. En su destino se hallaba cuando la invasión comandada por el mariscal Junot. El mariscal Freire abandona el Ejército y se retira a su domicilio, hasta que en 18 de junio de 1808 se incorpora al Ejército, restituido por la Junta Provisional de Defensa que se creo en Oporto para luchar contra los franceses.

Dedicado a levantar un ejército en el Norte del país, lograría reunir un importante contingente, compuesto de 7.000 hombres procedentes de los antiguos Cuerpos dispersos, 10.000 más procedentes de las Milicias locales y sobre 15.000 de las ordenanzas. Divide la fuerza en tres columnas, quedando Freire al mando de la que se denominaría Exército de Operaçoes da Estremadura. Emprende la marcha sobre Coimbra y llega a sus inmediaciones el 5 de agosto de 1808, y entra en la capital bajo un apoteósico recibimiento por parte de un pueblo que lo aclama ensordecedoramente. La triunfal entrada se completa con la incorporación de numerosos voluntarios. El día 1 en la playa de Lavos habían desembarcado las tropas británicas al mando del general Wellesley. Días después, el 7 de agosto ambos generales se reunirían en Montemor-o-Velho. Wellesley aprovechó para observar y valorar las tropas lusas, al tiempo que elaboraban el plan de operaciones que iban a ejecutar en combinación ambos ejércitos.

Wellesley marchó sobre Lisboa, por Alcobaça, Óbidos y Torres-Vedras, con el objeto de mantener estrecho contacto con la escuadra británica que mandaba el comodoro Cotton y así poder asegurar nuevos desembarcos de tropas británicas. Sin embargo Freire, prefería encaminarse hacia Santarem, y por ello se dirigió a Leiria. Las tropas británicas llegaron a Leiría el día 12 y allí se encontraron de nuevo con el mariscal Freire. A pesar de las diferencias, ambos ejércitos se encaminan hacia Caldas-da-Rainha. Después de la batalla de Vimeiro (21 de agosto), los franceses han de retirarse y posteriormente en Sintra estableceranse los términos de ella en la que será conocida como Convención de Sintra. El mariscal Bernardim Freire protestó, porque no fue escuchado durante las negociaciones y se retiró nuevamente a Oporto, donde reasumió su destino anterior de Gobernador militar. Mas tarde, en 24 de enero de 1809 fue nombrado Comandante de las fuerzas del Miño para oponerse a los enemigos por Tras os Montes, manteniendo siempre la posibilidad de defender Oporto.

La Regencia de Lisboa indicó al mariscal Freire aquellos puntos en los que debía reforzar las defensas, mas no le fue posible hacerlo con la anticipación debida, así como tampoco las gentes de las que disponía tenían la adecuada instrucción militar, ni disciplina precisa. A pesar de ello, el Freire se apresuro a marchar hacia el Alto Miño, logrando con ello que las tropas del general Soult no pasasen desde Galicia a través del paso de Caminha, aunque no pudo evitar la invasión a través de Tras os Montes. La villa de Chaves fue ocupada por los franceses el 12 de marzo de 1809. Hallándose Gomes Freire a cargo de la defensa de Braga, se dirigió a Salamonde da Cabreira, y como los franceses ocuparon esta posición el día 15, se apostó al Noroeste de Braga, en la localidad de Carvalho-de-Este. Mientras realizaba el reconocimiento de los diversos puestos de defensa entre Braga y Ruivaes, Bernardim Freire observó que entre los portugueses se había ido originando una excitación totalmente anormal, en la que llegaban a proferirle graves insultos en amenazadora actitud. La indisciplina de las tropas y la influencia que ejercían sobre ella los desmandados campesinos, cuando se disponía a retirarse sobre Oporto, para allí montar adecuadamente la defensa. Cuando llegaba al lugar de Carapoa, los exaltados de Vimeiro quisieron detenerlo, aunque logró salir de aquel trance por la actitud de Antonio Bernardo da Silva, Comandante de una brigada de Ordenanças allí situada. Algo más adelante se encontraron con otra brigada de Ordenanças de Tebora que marchaban en franca desbandada, en la más completa desorganización y sin que nadie pudiese contener los desmanes que iban originando. El mariscal Freire se vio irremisiblemente inmerso en aquel gentío, los cuales al reconocerlo en lugar de respetar al General, lo detienen acusándolo de traidor, de jacobino y vendido a los franceses. El barón de Eben, encontrose con las turbas muy cerca de Oporto y logró llevarse al Mariscal Freire para el cuartel en que se hallaban sus tropas, con el objeto de protegerlo de los deseos de venganza que aquellos que poco tiempo antes le aclamaban. Las turbas iniciaron el asalto del edificio, disparando contra quien se les oponía y vociferando contra el General. El barón de Eben ordenó formar la guardia, al tiempo que para salvarle propuso a los exaltados llevarlo para la cárcel de la ciudad. Debido a que los franceses en su avance amenazaban la ciudad, el barón de Eben hubo de incorporarse a las líneas defensivas, momento que aprovecharon los insubordinados para asesinar al Mariscal Bernardim Freire.